Vậy là chúng ta đã dõi theo bước chân của Lara Croft trong hành trình ngăn chặn bè lũ Trinity từ 2013 đến giờ. Và giờ đây, cuộc chiến đang bước vào giai đoạn gay cấn nhất khi mục tiêu của cả hai đang rất gần nhau rồi. Liệu rằng nữ thám hiểm Croft có thể ngăn chặn Trinity một lần và mãi mãi?
Shadow of the Tomb Raider bắt đầu với khung cảnh kinh hoàng (nhưng thường thấy với nữ thám hiểm): Lara và Jonah mắc kẹt trên một chiếc máy bay dân dụng đang vỡ ra từng mảnh. Phi công đầu đầy máu, gục mặt lên vô lăng như càng đẩy nhanh qua trình lao đầu xuống đất của chiếc máy bay nhanh hơn. Lara rướn người, ráng nắm quyền điều khiển thì bất ngờ thân máy bay vỡ ra làm đôi, kéo theo Jonah phiá sau. Bản thân Lara thì sắp sửa lao vào ngọn núi phía trước. Dĩ nhiên, bay trong điều kiện thời tiết xấu như bão tố thế này chả bao giờ được khuyến khích, nhưng tất cả đều có lý do của nó.
Lara Croft tỉnh dậy giữa khe núi, chân cô bị kẹt trong khe đá. Jonah muốn cô ở yên để anh đến giúp, nhưng cô từ chối vì cô đang rất gần Trinity. Việc gây ra quá nhiều sự chú ý là không cần thiết vào lúc này. Cũng không tốn quá nhiều thời gian để cô nàng thoát khỏi đó và đi đến nơi cần đến. Một kiến trúc được thiết kế của người Maya, với rất nhiều thông tin được khắc họa tại đây: Cá Hồng, Núi Bạc,… Jonah rất lo cho vết thương của cô, nhưng khám phá này làm cô hứng thú hơn nhiều so với cơn đau. Thế nhưng, nữ thám hiểm không phải là người đầu tiên đến đây. Trinity dến trước và chuẩn bị sẵn một số cái bẫy để hủy diệt tạo tác này cùng những kẻ đến sau như Lara khiến cô chỉ kịp chụp lại một số bức ảnh quan trọng trước khi mọi thứ đổ sụp. Điều đó càng chứng tỏ Trinity không muốn ai biết về khám phá này, đặc biệt là Lara.
Thoát chết trở về Cozumel (Mexico), cô nàng chả nghỉ ngơi lấy một chút mà tiếp tục nghiên cứu những khám phá mà mình tìm được, trong khi Jonah thì đi thám thính về Tiến sĩ Dominguez. Cha cô, Richard đã hơn một lần nhắc về cái tên này, đủ thấy tầm quan trọng của lão trong hàng ngũ Trinity. Nhưng mà ở tại đây, ngay tại Mexico này, Dominguez lại là một ành hùng và được người dân vô cùng yêu mến. Cô cũng phát hiện ra rằng nơi mình cần nhắm đến tiếp theo chính là Peru, chứ không phải là Brazil như bọn Trinity. Sự nhầm lẫn này đến từ hệ thống lịch của người Maya có sự chênh lệch lớn với lịch của thế giới. Cô còn biết được thêm Dominguez hoàn toàn không giống một con tốt thí như Konstantin hay Anna, mà hắn là thủ lĩnh của Trinity bấy lâu nay.
Không vào hang cọp sao bắt được cọp con, Lara một mình tiến sâu vào khu vực đào bới của Trinity. Cô tìm thấy một bức phù điêu ngay tại cổng vào lăng mộ. Nó nói về Rương Bạc của Ix Chel, thứ xuất hiện trong những truyền thuyết của người Maya. Nó nói rằng chiếc hộp có quyền năng triệu hồi một vị thần Kukulkan, vị thần Sáng tạo trong văn hóa Maya. Có thể chiếc Rương này ẩn chứ quyền năng để thay đổi cả thế giới nên Trinity mới ráo riết săn lùng như vậy. Nhưng Kukulkan không chỉ là thần Sáng tạo, mà còn là vị thần Hủy diệt trong tín ngưỡng Maya. Bức phù điêu phái dưới cũng khắc họa một chuỗi thiên tai ập đến nếu con người tìm cách triệu hồi vị thần: Sóng thần, bão tố động đất và núi lửa. Một thứ nguy hiểm như vậy nhưng lại làm con người ta thèm muốn đến bất chấp thủ đoạn.
Nhưng điều mà Lara không ngờ, cô chính là người đã khởi động chuỗi thiên tai khi tự tay lấy đi con dao găm. Và trớ trêu hơn là chính Dominguez là người nói cho cô biết rằng cô đã quá non nớt khi lấy đi con dao mà chưa chuẩn bị cái hộp đi đôi với nó, cô phải chịu trách nhiệm về ngày tận thế sắp tới. Nói xong hắn cướp đi con dao trên tay cô và bỏ cô lại cùng với thị trấn bị nhấm chìm trong những cơn sóng. Ngay thời điểm đó, cô với Jonah bùng nổ thêm một cuộc cãi vã vì cô cứ muốn phải đuổi theo Trinity càng sớm càng tốt trong khi Jonah muốn ở lại giúp đỡ những nạn nhân sau thiên tai.
